Родился 2 ноября 1884 года в городке Суджа Курской губернии в купеческой семье.
С раннего детства купеческий сын мечтал стать инженером — эта профессия в то время была весьма престижна. После семи классов Курского реального училища Михаил отправляет прошение на имя директора института гражданских инженеров в Санкт-Петербурге, приложив к нему всевозможные ходатайства, благодарственные и поручительные письма от Купеческого общества Суджи. Ишунина принимают в институт, и хотя учится он на отлично, обучение растягивается на 10 лет.
Однако длительная учеба имела и свои плюсы. Параллельно основному курсу, Ишунин изучил отдельные технические дисциплины — электротехнику, водоснабжение, гидротехнику, а дипломные проекты выполнил по постройке церквей и гражданской архитектуры.
В июне 1916 года Ишунин получает диплом гражданского инженера. К этому времени он уже наработал внушительный опыт проектирования и строительства.
Во всех своих проектах Ишунин использует бетон и железобетон, что тогда было новаторством, особенно в гражданском строительстве. Существовал стереотип, что бетон и железобетон уместны только при строительстве заводов и фабрик.
В постреволюционных условиях жесткой нехватки жилья основной упор в своей деятельности Ишунин сделал на проектирование и строительство коммуналок (многоквартирных домов) с применением железобетона. Дома по его проектам возводились в очень сжатые сроки, а ишунинские сметы на строительство жилья считались образцами экономии и бережливости. В ту пору это был единственный способ обеспечить жильем широкие слои горожан.
В Краснодаре и на Кубани Михаил Никитич поочередно занимал должности старшего архитектора в строительном отделе Кубчерсовнархоза, городского архитектора при отделе благоустройства г. Краснодара, главного инженера «Коммунстроя», заместителя начальника «Госстройконтроля», главного инженера Краснодарского отделения «Севкавтяжстроя».
Умер Михаил Никитич Ишунин в Ростове-на-Дону 15 сентября 1957 года. В Краснодаре его именем названа улица в Прикубанском округе, а многие из возведенных им зданий и сейчас украшают город.

В феврале 1923 года в Краснодаре сгорел бывший дом грека-табачника Акритаса (угол улиц Красной и Гоголя), где после революции находилась партийная школа. После пожара остались одни стены. В 1925 году было решено восстановить здание, выделив 470 тыс. рублей. Конкурс на восстановление выиграл Ишунин. Согласно проекту, нужно было возвести 4-этажный дом, где разместились бы коммунальный банк, гостиница с рестораном, организации, учреждения и жилые квартиры. Ишунин вспоминал, что рабочие, приступая к работе, имели смутные представления о железобетоне и строительстве с его использованием, но потом приноровились. Строительство завершилось успешно. Городская пресса того времени упоминала, что строительство велось на «западный манер» — имея в виду железобетонные перекрытия и использование подъемных механизмов для их установки. Также Ишуниным было полностью спроектировано водоснабжение и сантехника здания.
В 1927 году по проекту Михаила Никитича началось строительство двух многоквартирных домов на углу Пашковской и Красной, и углу Советской и Рашпилевской (на бывшем подворье атамана Рашпиля). Здания были построены в французском стиле «курдонер». Сдав эти новостройки, Михаил Ишунин приступил к возведению 4-этажного дома на 60 квартир с магазинами на первом этаже на углу улиц Красной и Мира (тогда — Пролетарская). Квартиры, состоявшие из 3-4 комнат, кухни и ванной с туалетом, получились уютными и удобными. При строительстве Михаил Никитич применил необычное решение: вместо внутренних капитальных стен он установил железные трубы, залитые бетоном.
Параллельно он возводит свою знаменитую «стодворку» — дом на сто квартир на углу улиц Седина и Постовой. Смету Ишунин сумел снизить на 8% в отличие от первоначальных расчетов. Также Михаил Никитич смог спроектировать дом, в каждой квартире которого, не стесняя друг друга, могли селиться две семьи. На строительство «стодворки» город выделил ровно 1 млн рублей. В доме помимо квартир были предусмотрены ясли, клуб и прачечная. Строительство шло с 1929 по 1931 года.
Подавляющее большинство своих проектов Ишунин выполнил в стиле конструктивизма. Единственная причина, по которой критиковали Ишунина — отсутствие в его зданиях изящества. Но в условиях разрухи и восстановления страны после Гражданской войны было явно не до изящества. Требовалось просто жилье, и возводить его нужно было как можно больше и быстрее.