Родился в Киеве у французских подданных Клеменса и Брониславы Мальгерб, при рождении носил имя Иван-Августин. Вскоре после рождения у Ивана Мальгерба погибает отец (1871).
После окончания Киевского реального училища поступает в Институт гражданских инженеров в Петербурге (1881), которое заканчивает в 1888 году со званием инженера (с правом производить работы по гражданской строительной и дорожной частям). После окончания института Мальгерб принял русское подданство.
В 1896 году становится городским архитектором Екатеринодара. Значимую долю в зодческой деятельности Мальгерба занимало строительство церквей.
Проработав более семи лет городским архитектором Екатеринодара, в 1903 году Мальгерб оставляет службу в управе, став «свободным художником».
В 1930-е годы, когда началось «наступление на религию» и были созданы взрывные бригады по разрушению церквей, краевые власти пригласили Мальгерба принять участие в этом «общенародном деле». Это официальное приглашение Мальгреб воспринял как горькую насмешку судьбы: ведь кубанцы знали его как замечательного строителя Божьих храмов. И вот теперь его призывали разрушать то, что он старательно и любовно строил собственными руками.
Умер в 1938 году. Похоронен на Всесвятском кладбище в Краснодаре.

Создал проект здания городского общественного банка (1898), которое было построено в 1900 году.
В Екатеринодаре по его проектам было возведено три храма: Святой Екатерины (Екатерининский кафедральный собор), Троицкая и Успенская (на Дубинке). По проектам Мальгерба возведено много церквей в кубанских станицах.
Более трех лет руководил строительством здания епархиального женского училища (по проекту архитектора В. А. Филиппова), законченного в 1901 году. Спустя 12 лет он вернулся к этому зданию, чтобы прибавить к нему симметричные пристройки, не нарушавшие архитектурного единства, в результате чего общий вид училища стал еще более грандиозным и нарядным.
По его проектам возводятся деревянный 2-х этажный клуб в городском саду (1909), 3-х этажный дом Армянского благотворительного общества (1911); 4-х этажное коммерческое училище (1913).